La humedad, condicionada por los patrones generales del clima juega un papel muy importante en la distribución de la vegetación, provocando la ausencia o presencia de ella pueden crear efectos de aridez o su contrario logrando encontrar una gran riqueza florística.

Dentro del Parque Ecológico Chipinque, podemos encontrar seis principales tipos de vegetación con 47 familias y la presencia de 109 especies:

Matorral submontano : Este es una formación arbustiva muy rica en formas de vida, las especies de mayor presencia son la Hellieta parvifolia , Cordia boissieri, Pithecellobium pallens, Acacia rigidula, A. farnesiana, Caesalpinia mexicana y Prosopis glandulosa .

Bosque de pino : Este tipo de vegetación la podemos encontrar de los 800 msnm en adelante y solo cuenta con dos especies representativas que son el Pinus teocote y el Pinus pseudostrobus , logrando alcanzar las mismas alturas que varían de los 10 a los 20 metros, esta tipo de vegetación por lo regular se encuentra en asociación con especies del genero Quercus y Arbutus .

Bosque mixto de pino-encino : Tienen una amplia distribución altitudinal en la Sierra, se encuentran desde los 800 a los 2,800 msnm, en las tierras altas y taludes superiores de las áreas montañosas. Estas comunidades vegetales forman un complejo que incluye aquellas de tamaño más o menos pequeño (6-8 m), abiertas, de baja densidad hasta aquellas comunidades de las zonas altas que forman asociaciones más altas y densas.  

Matorral desértico rosetófilo : Se caracteriza porque las especies predominantes tienen una forma arrosetada. Esta comunidad descrita originalmente por Rzedowski   en 1966.

Bosque de encino : Este tipo de vegetación es la de mayor presencia dentro del área, la cual se compone con árboles y arbustos que van desde los 15 a 20 metros de altura, siendo las especies mas representativas de este tipo de vegetación el Quercus rysophylla, Q. polymorpha, Q. laceyi, Q. virginiana var. fusiformis, Q. canbyi, Q. laeta , además de encontrar asociación con Arbutus xalapensis, Prunus serotina y Juglans mollis .

Chaparra l: Cuenta con especioes como Bauxleyanthus salicifolios , Parkinsonia aculeata, Prosopis sp. , Porophyllum porophylloides , Aristida pansa, Acacia sp. , Muhlenbergia schreberi, Opuntia sp ., Dasylirium texanum, Cercocarpus montanus, Sophora secundiflora, Acacia berlandieri, Dodonaea viscosa y Juniperus sp .   En el estrato medio son frecuentes ya sea individuos jóvenes del estrato superior como las siguientes especies: Baccharis salicifolia, Opuntia leptocaulis , Opuntia spp., Solanum elaeagnifolium, Aloysia gratissima, Heimia salicifolia, Leucophyllum laevigatum, L. frutescens, y Loeselia coerulea . En el estrato inferior se encuentran: Cynodon dactylon, Muhlenbergia sp., Erioneuron grandiflorum, Sporolobus sp. , Agave aff. falcata y Sporobolus sp .